Pracownicy Zakładu

Prof. dr hab. Andrzej Kozik

Kierownik Zakładu oraz zakładowej Pracowni Biochemii Fizycznej

» więcej...

Pokój: A104
Tel.: 12 6646525
 
Zainteresowania badawcze: 
 
Modyfikacje struktury i funkcji białek w stanie zapalnym. Oddziaływania białko-białko w układzie produkcji kinin oraz ich modyfikacje w ogniskach zapalnych. Biochemia stresu oksydacyjnego. Biochemia witamin i koenzymów.
 
Najważniejsze osiągnięcia naukowe:
  • Charakterystyka funkcji oraz chemicznego mechanizmu oddziaływania białko-ligand w roślinnych białkach wiążących tiaminę (witaminę B1)
  • Charakterystyka aktywacji układu generacji prozapalnych peptydów – kinin, na powierzchniach komórek organizmu ludzkiego oraz komórek patogennych mikroorganizmów
  • Hipoteza modulacji układu generacji kinin w ogniskach zapalnych pod wpływem reaktywnych form tlenu
 
Wybrane publikacje:
  1. Imamura T., Tanase S., Szmyd G., Kozik A., Travis J., Potempa J. (2005) Induction of vascular leakage through release of bradykinin and a novel kinin by cysteine proteinases from Staphylococcus aureus. J. Exp. Med. 201, 1669-1676. 
  2. Rapala-Kozik M., Olczak M., Ostrowska K., Starosta A., Kozik A. (2007) Molecular characterization of the thi3 gene involved in thiamine biosynthesis in Zea mays: cDNA sequence and enzymatic and structural properties of the recombinant bifunctional protein with 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methyl (phosphate) kinase and thiamine monophosphate synthase activities. Biochem. J. 408, 149-159. 
  3. Barbasz A., Guevara-Lora I., Rapala-Kozik M., Kozik A. (2008) Kininogen binding to the surfaces of macrophages. Int. Immunopharmacol. 8, 211-216. 
  4. Rapala-Kozik M., Karkowska J., Jacher A., Golda A., Barbasz A., Guevara-Lora I., Kozik A. (2008) Kininogen adsorption to the cell surface of Candida spp. Int. Immunopharmacol. 8, 237-241. 
  5. Barbasz A., Kozik A. (2009) The assembly and activation of kinin-forming systems on the surface of human U-937 macrophage-like cells. Biol. Chem 390, 269-275. 
  6. Guevara-Lora I., Florkowska M., Kozik A. (2009) Bradykinin-related peptides up-regulate the expression of kinin B1 and B2 receptor genes in human promonocytic cell line U937. Acta Biochim. Polon. 56, 515-522 
  7. Karkowska-Kuleta J., Kozik A., Rapala-Kozik M. (2010) Binding and activation of human plasma kinin-forming system on the cell walls of Candida albicans and Candida tropicalis. Biol. Chem. 391, 97-103. 
  8. Rapala-Kozik M., Karkowska-Kuleta J., Ryzanowska A., Golda A., Barbasz A., Faussner A., Kozik A. (2010) Degradation of human kininogens with the release of kinin peptides by extracellular proteinases of Candida spp. Biol. Chem. 391, 823-830. 
  9. Kozik A., Golda A., Mak P., Suder P., Silberring J., Barbasz A., Rapala-Kozik M.(2011) Myeloperoxidase-catalyzed oxidative inactivation of human kininogens: the impairment of kinin-precursor and prekallikrein-binding functions. Biol. Chem. 392, 263-274. 
  10. Rapala-Kozik M., Bras G., Chruscicka B., Karkowska-Kuleta J., Sroka A., Herwald H., Nguyen K-A., Eick S., Potempa J., Kozik A. (2011) Adsorption of components of the plasma kinin-forming system on the surface of Porphyromonas gingivalis involves gingipains as the major docking platforms. Infection and Immunity 79, 797-805.
 
Granty badawcze (obecne i zakończone): 
  • Projekt badawczy własny KBN Nr 6 P04C 088 12, „Strukturalno-chemiczne cechy mikrootoczenia tiaminy (witaminy B1) w kompleksach z rozpuszczalnymi białkami wiążącymi (transportującymi lub enzymatycznymi) z bakterii, roślin nasiennych i kręgowców", 1997 – 1999, kierownik.
  • Projekt badawczy własny KBN Nr 6 P04C 039 19, „Metabolizm tiaminy (witaminy B1) oraz białek wiążących tiaminę w procesach rozwoju i kiełkowania nasion", (kierownik: dr Maria Rąpała-Kozik), 2000 – 2003, główny wykonawca.
  • Projekt badawczy własny KBN Nr 6 P04A 023 19, „Wpływ czynników uwalnianych przez granulocyty obojętnochłonne (aktywnych form tlenu oraz elastazy) na potencjał wytwarzania kinin przez układ kininogen-kalikreina", 2000 – 2003, kierownik.
  • Projekt badawczy zamawiany KBN Nr PBZ – 039/P04/02, „Porównanie na poziomie transkryptomu i proteomu ekspresji genów związanych z odczynem zapalnym w wybranych typach komórek" (kierownik: prof. dr hab. Aleksander Koj), 2001 – 2004, wykonawca.
  • Projekt badawczy własny MNIiI Nr 2P04C 035 29, „ Wiązanie i aktywacja układów produkcji kinin na powierzchniach komórek", 2005 - 2008, kierownik.
  • Projekt badawczy własny MNiSw Nr N N303 572538, 2010-2013. „Charakterystyka oddziaływania białek osoczowego układu generacji kinin (układu kontaktu) z komórkami drożdży Candida albicans, kierownik.

_____________________________________________________________________

Prof. dr hab. Adam Dubin, profesor emerytowany

Były kierownik Zakładu oraz zakładowej Pracowni Enzymologii i Chemii Białek

» więcej...

Zainteresowania badawcze
 
Charakterystyka proteinaz i ich naturalnych białkowych inhibitorów; produkcja białek rekombinowanych i ich renaturacja; struktura białek; peptydy antybakteryjne.
 
Najważniejsze osiągnięcia naukowe:
  • Określenie całkowitej pierwszorzędowej struktury (sekwencji aminokwasów) pierwszego przedstawiciela tkankowych serpin (HLEI) metodą chemiczną oraz molekularnego klonowania [1, 2].
  • Charakterystyka bakteryjnych proteinaz cysteinowych i ich inhibitorów [3,6]. Rozwiązanie struktury trzeciorzędowej dwóch przedstawicieli nowoodkrytej klasy inhibitorów proteinaz cysteinowych - staphostatyn technikami - krystalograficzną i magnetycznego rezonansu jądrowego [4-5].
  • Badania strukturalne proteinaz bakteryjnych [7-9].
  • Odkrycie, charakterystyka i wyjaśnienie mechanizmu działania peptydów o aktywności antybakteryjnej (antybiotyków peptydowych) uwalnianych po trawieniu enzymatycznym hemoglobiny tzw. hemocydyn - patrz sylwetka dr hab. Pawła Maka.
  • Poznanie sekwencji DNA gronkowcowego plazmidu pCH-91, bioinformatyczna analiza oraz charakterystyka białek kodowanych w plazmidzie – patrz sylwetka dr Benedykta Władyki.
 
Wybrane publikacje:
  1. Dubin A., Travis J., Enghild J.J., Potempa J.: Equine Leukocyte Elastase Inhibitor. Primary structure and identification as a thymosin binding protein. J. Biol. Chem. 267 (1992) 6576–6583.
  2. Kordula T., Dubin A., Schooltink H., Koj A., Heinrich P.C., Rose-John S.: Molecular cloning and expression of an intracellular serpin: an elastase inhibitor from horse leucocytes. Biochem. J. 293 (1993) 187–193.
  3. Rzychon M., Sabat A., Kosowska K., Potempa J., Dubin A.: Staphostatin: an expanding new group of proteinase inhibitors with a unique specificity for the regulation of staphopains, Staphylococcus spp. cysteine Proteinases. Mol. Microb. 49(2003)1051- 1066.
  4. Filipek R., Rzychoń M., Oleksy A., Gruca M., Dubin A., Potempa J., Bochtler M.: The staphostatin-staphopain complex: a forward binding inhibitor in complex with target cysteine protease. J. Biol. Chem. 42(2003)40959-40966.
  5. Dubin G., Krajewski M., Popowicz G., Stec-Niemczyk J., Bochtler M., Potempa J., Dubin A., Holak T.A.: Solution structure of staphostain A from Staphylococcus aureus confirms the discovery of the novel class of cysteine proteinase inhibitors. Biochemistry 42(2003) 13449-13456.
  6. Władyka B., Puzia K., Dubin A.: Efficient co-expression of recombinant staphopain A and its inhibitor staphostatin A in Escherichia coli. Biochem. J.385(2005)181-187.
  7. Popowicz G.M., Dubin, G., Steć-Niemczyk, J., Czarny, A., Dubin, A., Potempa, J., Holak, T.A.: Functional and structural characterization of Spl proteases from Staphylococcus aureus. J. Mol. Biol. 358(2006)270-9.
  8. Sabat A., Wladyka B., Kosowska-Shick K., Grundmann H., Appelbaum P.C., Kowl J, Dubin A., Hryniewicz W. : Polymorphism, genetic exchange and intragenic recombination of the aureolysin gene among Staphylococcus aureus strains. BMC Microbiology 8(2008)129-140.
  9. Stec-Niemczyk J., Pustelny K., Kisielewska M., Bista M., Boulware K.T., Stennicke H.R., Thogerasen I.B., Daugherty P.S., Enghild J.J., Baczyński K., Popowicz G.M., Dubin A,., Potempa J., Dubin G.: Structural and functional chracterization of SplA, an exclusively specific protease of Staphylococus aureus. Biochemical J. 419(2009)555- 564.
 
Projekty badawcze (obecne i zakończone):
  • Projekt badawczy własny KBN (nr 4 1618 91 01) "Struktura i funkcja inhibitora elastaz", (1992-1994)
  • Projekt badawczy własny KBN (nr 4 P207 038 07) "Charakterystyka i zastosowanie doświadczalnego modelu rozedmy płuc", (1995-1997).
  • Projekt badawczy własny KBN (nr 6 P04B 009 14: "Hemocydyny: peptydy antybakteryjne uzyskane z białek zawierajacych hem", (1998-2000).
  • Projekt badawczy własny KBN: (nr 6 P04A 083 20) "Nowy operon endopeptydazy Staphylococcus aureus – analiza i regulacja". (2001-2003).
  • Projekt badawczy promotorski KBN: (nr 2 P04A 040 26) "Staphostatyna B: nowy typ inhibitora proteinaz cysteinowych". (2004-2005).
  • Projekt badawczy własny KBN: (nr 2 PO4A 001 27) "Operon metaloproteazy Staphylococcus aureus: analiza i regulacja" (2004-2007).
  • Projekt badawczy y MNiSzW: (nr 2 P04A 024 30) „Operon stafopainy C Staphylococcus aureus: analiza i charakterystyka kodowanych białek" (2006-2007).
  • Projekt badawczy własny MNiSzW: (nr N N 302 1307 34) „ Gronkowcowy plazmid pCH-91 jako nośnik czynników wirulencji i możliwe narzędzie do wydajnej produkcji białek rekombinowanych" (2008-2011).
  • Projekt badawczy promotorski MNiSzW: (nr N N 302 2280 38) " Analiza specyficzności substratowej oraz mechanizm regulacji aktywności grankowcowej proteazy serynowej SplB" (2010-2011).

_____________________________________________________________________

Dr hab. Paweł Mak

Profesor UJ, kierownik zakładowej Pracowni Enzymologii i Chemii Białek

» więcej...

Pokój: A119
Tel.: 12 6646506
Faks: 12 6646915
 
Zainteresowania badawcze: 
 
Biochemia peptydów i białek (techniki oczyszczania, oznaczania i sekwencjonowania), izolacja oraz charakterystyka peptydów i białek o aktywności przeciwbakteryjnej.
 
Wybrane publikacje:
  1. Knutelski, S.; Awad, M.; Łukasz, N.; Bukowski, M.; Śmiałek, J.; Suder, P.; Dubin, G.; Mak, P. Isolation, Identification, and Bioinformatic Analysis of Antibacterial Proteins and Peptides from Immunized Hemolymph of Red Palm Weevil Rhynchophorus ferrugineus. Biomolecules 2021, 11, 83. https://doi.org/10.3390/biom11010083.
  2. Milewska A, Falkowski K, Kulczycka M, Bielecka E, Naskalska A, Mak P, Lesner A, Ochman M, Urlik M, Diamandis E, Prassas I, Potempa J, Kantyka T, Pyrc K. (2020) Kallikrein 13 serves as a priming protease during infection by the human coronavirus HKU1. Sci. Signal. 13, eaba9902. DOI: 10.1126/scisignal.aba9902.
  3. Sowa-Jasiłek A, Zdybicka-Barabas A, Stączek S, Pawlikowska-Pawlęga B, Grygorczuk-Płaneta K, Skrzypiec K, Gruszecki WI, Mak P, Cytryńska M (2020) Antifungal Activity of Anionic Defense Peptides: Insight into the Action of Galleria mellonella Anionic Peptide 2.. Int J Mol Sci. 21,1912. doi: 10.3390/ijms21061912.
  4. Koliński M, Kmiecik S, Dec R, Piejko M, Mak P, Dzwolak W (2020) Docking interactions determine early cleavage events in insulin proteolysis by pepsin: Experiment and simulation.. Int J Biol Macromol. 149, 1151-1160. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2020.01.253.
  5. Palusińska-Szysz, M.; Zdybicka-Barabas, A.; Luchowski, R.; Reszczyńska, E.; Śmiałek, J.; Mak, P.; Gruszecki, W.I.; Cytryńska, M. (2020) Choline Supplementation Sensitizes Legionella dumoffii to Galleria mellonella Apolipophorin III. Int. J. Mol. Sci. 21, 5818.
  6. Nowakowski M, Jaremko Ł, Wladyka B, Dubin G, Ejchart A, Mak P. Spatial attributes of the four-helix bundle group of bacteriocins - The high-resolution structure of BacSp222 in solution (2018) Int. J. Biol. Macromol. 107B, 2715-2724. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2017.10.158.
  7. Pieta P, Majewska M, Su Z, Grossutti M, Wladyka B, Piejko M, Lipkowski J, Mak P. (2016) Physicochemical Studies on Orientation and Conformation of a New Bacteriocin BacSp222 in a Planar Phospholipid Bilayer. Langmuir 32, 5653-62, doi: 10.1021/acs.langmuir.5b04741.
  8. Palusińska-Szysz M, Zdybicka-Barabas A, Reszczyńska E, Luchowski R, Kania M, Gisch N, Waldow F, Mak P, Danikiewicz W, Gruszecki WI, Cytryńska M. (2016) The lipid composition of Legionella dumoffii membrane modulates the interaction with Galleria mellonella apolipophorin III. Biochim. Biophys. Acta. 1861, 617-29, doi: 10.1016/j.bbalip.2016.04.011
  9. Sowa-Jasiłek A, Zdybicka-Barabas A, Staczek S, Wydrych J, Skrzypiec K, Mak P, Deryło K, Tchórzewski M, Cytrynska M. (2016) Galleria mellonella lysozyme induces apoptotic changes in Candida albicans cells. Mic. Res. 193, 121–131, http://dx.doi.org/10.1016/j.micres.2016.10.003.
  10. Klaus T, Stalińska K, Czaplicki D, Mak P, Skupien-Rabian B, Kedracka-Krok S, Wiatrowska K, Bzowska M, Machula M, Bereta J. (2018) Mouse Antibody of IgM Class is Prone to Non-Enzymatic Cleavage between CH1 and CH2 Domains. Sci Rep. 8: 519. doi: 10.1038/s41598-017-19003
  11. Walentowicz-Sadlecka M, Dziobek K, Grabiec M, Sadlecki P, Walentowicz P, Mak P, Szymankiewicz M, Kwinta P, Dutsch-Wicherek M. (2019)The analysis of human leukocyte antigen-G level in patients with endometrial cancer by Western blot technique. Am J Reprod Immunol. 81, e13070. doi: 10.1111/aji.13070.
  12. Wladyka B, Piejko M, Bzowska M, Pieta P, Krzysik M, Mazurek Ł, Guevara-Lora I, Bukowski M, Sabat AJ, Friedrich AW, Bonar E, Międzobrodzki J, Dubin A, Mak P. (2015) A peptide factor secreted by Staphylococcus pseudintermedius exhibits properties of both bacteriocins and virulence factors. Sci Rep. 5:14569. doi: 10.1038/srep14569.
  13. Pietrzyk AJ, Bujacz A, Mak P, Potempa B, Niedziela T. (2015) Structural studies of Helix aspersa agglutinin complexed with GalNAc: A lectin that serves as a diagnostic tool. Int. J. Biol. Macromol. 81:1059-1068.
Wybrane granty badawcze:
  1. Kierownik projektu: "Badania nad regulacją biosyntezy oraz aktywnością prozapalną izoform bakteriocyny peptydowej BacSp222", projekt badawczy nr UMO-2018/31/B/NZ3/01226 przyznany przez NCN w ramach konkursu OPUS 16, lata realizacji 2019-2022.
  2. Kierownik projektu: „Badania nad bakteriocynami i czynnikami wirulencji odzwierzęcego szczepu Staphylococcus pseudintermedius 222”, projekt badawczy NCN nr  UMO-2013/11/B/NZ6/00409,  realizacja w latach 2014-2018.
  3. Kierownik projektu: "Badania nad modulacyjnym mechanizmem działania bakteriocyny peptydowej BacSp222 wobec komórek eukariotycznych", MNiSW / KNOW, projekt nr. 35p/9/2015, realizacja w latach: 2016-2017
  4. Kierownik projektu „Rola peptydaz aspartylowych Candida Spp. w generowaniu hemocydyn", proj. badawczy NCN nr 2011/01/B/NZ6/00277, planowane zakończenie w 2013 r.
  5. Wykonawca w projekcie „Apolipoforyna III Galleria mellonella - bialko o wielu funkcjach", proj. badawczy nr N N303 58 02 39, finansowany przez MNiSW, kierownik M. Cytryńska, zakończony w 2012 r., realizowany w Krakowie (UJ) oraz Lublinie (UMCS).
  6. Główny wykonawca w projekcie MNiSw Nr N N303 572538, 2010-2013. „Charakterystyka oddziaływania białek osoczowego układu generacji kinin (układu kontaktu) z komórkami drożdży Candida albicans. Kierownik: A. Kozik, grant własny.
  7. Wykonawca w projekcie „Ocena zmian aktywności komórek układu immunologicznego w endometrium podczas fizjologicznego cyklu miesiączkowego, w doczesnej w warunkach fizjologicznych i w stanach patologicznych wikłających przebieg ciąży, oraz w ogniskach endometriozy i raku jajnika", proj. badawczy nr N N407 0888 35, kierownik A. Basta, zakończony w 2011 r.
  8. Wykonawca w projekcie „Mechanizmy odpowiedzi humoralnej Galleria mellonella w zakażeniach bakteryjnych i grzybowych – analiza profilu oraz roli peptydów odpornościowych hemolimfy", proj. badawczy nr N N303 3622 35, kierownik M. Cytryńska, zakończony w 2010 r.
  9. Kierownik projektu „Znaczenie hemocydyn w wybranych niespecyficznych mechanizmach obrony organizmu ludzkiego przed infekcjami", proj. badawczy nr N N401 2296 33, zakończony w 2008 r.
  10. Wykonawca w projekcie „Analiza molekularnych zmian w trakcie przemiany doczesnowej endometrium warunkujących prawidłowy przebieg ciąży i porodu", proj. badawczy nr N406 012 31/0201, realizowany w Krakowie w CM UJ oraz na Wydziale Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ, kierownik Ł. Wicherek, projekt zakończony w 2008 r.
  11. Wykonawca w projekcie „Identyfikacja oraz ocena przeciwbakteryjnych i przeciwgrzybowych właściwości peptydów hemolimfy Galleria mellonella", proj. badawczy nr 2 PO4C 054 26, kierownik M. Cytryńska, projekt zakończony w 2006 r.
  12. Kierownik projektu „Naturalne peptydy antybakteryjne uwalniane z białek wiążących hem", proj. badawczy nr 2 PO4B 023 27, zakończony w 2006 r.

_____________________________________________________________________

Dr hab. Ibeth Guevara-Lora

Profesor UJ

» więcej...

Pokój: A103
Tel.: 012 6646544, 6646527
 
Zainteresowania badawcze: 
 
Ekspresja genów i białek zaangażowanych w regulacji stanu zapalnego ze szczególnym uwzględnieniem układu generacji kinin. Biochemiczne zastosowania substancji biologicznie aktywnych immobilizowanych na nanocząstkach.
 
Wybrane publikacje:
  1. Guevara I., Iwanejko J., Dembińska-Kieć A., Pankiewicz J., Wanat A., Polus A., Gołąbek I., Bartuś S., Malczewska-Malec M., Szczudlik A. (1998) Determination of nitrite/nitrate in human biological material by the simple Griess reaction. Clin. Chim. Acta 274, 177-188. 
  2. Dulak J., Józkowicz A., Dembiñska-Kieć A., Guevara I., Zdzienicka A., Żmudzinska-Grochot D., Florek I., Wójtowicz A., Szuba A., Cooke JP. (2000) Nitric oxide induces the synthesis of vascular endothelial growth factor by rat vascular smooth muscle cells. Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 20, 659-666.
  3. Józkowicz A., Cooke J.P., Guevara I., Huk I., Funovics P., Pachinger O., Weidinger F., Dulak J. (2001) Genetic augmentation of nitric oxide synthase increases the vascular generation of VEGF. Cardiovasc. Res. 51, 773-783.
  4. Tomaszewska A., Guevara I., Wilczok T., Dembińska-Kieć A. (2001) 17-estradiol- and lipopolysaccharide-induced changes in nitric oxide, tumor necrosis factor-a and vascular endothelial growth factor release from RAW 264.7 macrophages. Gynecol. Obstet. Invest. 56, 152-159.
  5. Duliński R., Suder P., Guevara-Lora I., Rąpała Kozik M., Potempa J., Silberring J., Imamura T., Travis J., Kozik A. (2003) Attenuated kinin release from human neutrophil elastase-pretreated kininogens by tissue and plasma kallikreins. Biol. Chem. 384, 929-937.
  6. Barbasz A., Guevara-Lora I., Rąpała-Kozik M., Kozik A. (2008) Kininogen binding to the surfaces of macrophages. Int. Immunopharmacol. 8, 211-216.
  7. Rąpała-Kozik M., Karkowska J., Jacher A., Gołda A., Barbasz A., Guevara-Lora I., Kozik A. (2008) Kininogen adsorption to the cell surface of Candida spp., Int. Immunopharmacol. 8, 237-241.
  8. Guevara-Lora I., Czosnek C., Smycz A., Janik J.F, Kozik A. (2008) SiC nanoparticles as potential carriers for biologically active substances. J. Phys., Conference Series 146, 012-022
  9. Guevara-Lora I., Florkowska M., Kozik A. (2009) Bradykinin-related peptides up-regulate the expression of kinin B1 and B2 receptor genes in human promonocytic cell line U937. Acta Biochim. Polon. 56, 515-522 
  10. Taha H., Skrzypek K., Guevara I., Nigisch A., Mustafa S., Grochot-Przeczek A., Ferdek P., Was H., Kotlinowski J., Kozakowska M., Balcerczyk A., Muchova L., Vitek L., Weigel G., Dulak J., Jozkowicz A. (2010) Role of heme oxygenase-1 in human endothelial cells: lesson from the promoter allelic variants. Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 30, 1634-1641
Udział w projektach badawczych:
  1. Kierownik projektu Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego "Modyfikacja procesów adhezyjnych w komórkach zaangażowanych w krzepnięcie krwi w stanie zapalnym pod wpływem wybranych produktów aktywacji osoczowego układu kontaktu. (2006-2009) 
  2. Rola tlenku azotu (NO) i czynnika wzrostu śródbłonka (VEGF) w przebudowie naczynia po angioplastyce - Próba zapobiegania przerostowi mięśniówki za pomocą eksperymentalnego transferu genów. Kierownik: Prof. dr hab. Józef Dulak (1998–2001)
  3. Rola czynników aktywowanych przez proliferatory peroksysomów (PPAR) w angiogenezie - Ocena wpływu ligandów PPAR na rozwój retinopatii proliferacyjnej. Kierownik: Dr hab. Alicja Józkowicz (1999-2002)
  4. Mutacje związane z otyłością i insulinoodpornością genów czynników ryzyka wystąpienia choroby niedokrwiennej serca w wyselekcjonowanej grupie rodzin Polski południowej. Kierownik: Prof. dr hab. Aldona Dembińska-Kieć (1999–2002) 
  5. Rola tlenku azotu i oksygenaz hemowych w mechanizmie angiogennej aktywności czynnika wzrostu śródbłonka naczyń – VEGF. Kierownik: Prof. dr hab. Józef Dulak. (2002-2005)
  6. Wiązanie i aktywacja układów produkcji kinin na powierzchniach komórek. Kierownik: Prof. dr hab. Andrzej Kozik (2005-2008)

_____________________________________________________________________

Dr hab. Benedykt Władyka

Profesor UJ

» więcej...

Pokój: A124
Telefon: 12 6646511
Służbowy e-mail: benedykt.wladyka@uj.edu.pl


Opis zainteresowań badawczych:

Systemy toksyna-antytoksyna u bakterii. Proteazy i ich białkowe inhibitory. Czynniki wirulencji gronkowców (Staphylococcus spp.).

Wybrane publikacje:

  1. Bonar, E.A., Bukowski, M., Hydzik, M., Jankowska, U., Kedracka-Krok, S., Groborz, M., Dubin, G., Akkerboom, V., Miedzobrodzki, J., Sabat, A.J., Friedrich, A.W., Władyka, B. Joint Genomic and Proteomic Analysis Identifies Meta-Trait Characteristics of Virulent and Non-virulent Staphylococcus aureus Strains (2018) Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 8 art. no. 313. DOI: 10.3389/fcimb.2018.00313
  2. Władyka, B., Bonar, E. Application of Staphylococci in the Food Industry and Biotechnology (2018) Pet-to-Man Travelling Staphylococci: A World in Progress, pp. 281-291. DOI: 10.1016/B978-0-12-813547-1.00021-2
  3. Bukowski, M., Hyz, K., Janczak, M., Hydzik, M., Dubin, G., Władyka, B. Identification of novel mazEF/pemIK family toxin-antitoxin loci and their distribution in the Staphylococcus genus (2017) Scientific Reports, 7 (1), art. no. 13462, . DOI: 10.1038/s41598-017-13857-4
  4. Bonar, E., Wojcik, I., Jankowska, U., Kedracka-Krok, S., Bukowski, M., Polakowska, K., Lis, M.W., Kosecka-Strojek, M., Sabat, A.J., Dubin, G., Friedrich, A.W., Miedzobrodzki, J., Dubin, A., Władyka, B. Identification of secreted exoproteome fingerprints of highly-virulent and non-virulent Staphylococcus aureus strains (2016) Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 6 (MAY), art. no. 51, . DOI: 10.3389/fcimb.2016.00051
  5. Władyka, B., Piejko, M., Bzowska, M., Pieta, P., Krzysik, M., Mazurek, Ł., Guevara-Lora, I., Bukowski, M., Sabat, A.J., Friedrich, A.W., Bonar, E., Miȩdzobrodzki, J., Dubin, A., Mak, P. A peptide factor secreted by Staphylococcus pseudintermedius exhibits properties of both bacteriocins and virulence factors (2015) Scientific Reports, 5, art. no. 14569, . DOI: 10.1038/srep14569
  6. Bonar, E., Wójcik, I., Władyka, B. Proteomics in studies of Staphylococcus aureus virulence (2015) Acta Biochimica Polonica, 62 (3), pp. 367-381. DOI: 10.18388/abp.2015_1083
  7. Władyka, B., Wielebska, K., Wloka, M., Bochenska, O., Dubin, G., Dubin, A., Mak, P. Isolation, biochemical characterization, and cloning of a bacteriocin from the poultry-associated Staphylococcus aureus strain CH-91 (2013) Applied Microbiology and Biotechnology, 97 (16), pp. 7229-7239. DOI: 10.1007/s00253-012-4578-y
  8. Bukowski, M., Lyzen, R., Helbin, W.M., Bonar, E., Szalewska-Palasz, A., Wegrzyn, G., Dubin, G., Dubin, A., Władyka, B. A regulatory role for Staphylococcus aureus toxin-antitoxin system PemIK Sa (2013) Nature Communications, 4, art. no. 2012, . DOI: 10.1038/ncomms3012
  9. Władyka, B., Kozik, A.J., Bukowski, M., Rojowska, A., Kantyka, T., Dubin, G., Dubin, A. α1-Antichymotrypsin inactivates staphylococcal cysteine protease in cross-class inhibition (2011) Biochimie, 93 (5), pp. 948-953. DOI: 10.1016/j.biochi.2011.01.014
  10. Władyka, B., Dubin, G., Dubin, A. Activation mechanism of thiol protease precursor from broiler chicken specific Staphylococcus aureus strain CH-91 (2011) Veterinary Microbiology, 147 (1-2), pp. 195-199. DOI: 10.1016/j.vetmic.2010.06.002
  11. Władyka, B., Puzia, K., Dubin, A. Efficient co-expression of a recombinant staphopain A and its inhibitor staphostatin A in Escherichia coli (2005) Biochemical Journal, 385 (1), pp. 181-187. DOI: 10.1042/BJ20040958


Granty badawcze:

  1. UMO-2017/25/B/NZ6/01056 – “Badania roli układów toksyna-antytoksyna w antybiotykooporności gronkowców”, projekt badawczy NCN w ramach konkursu „Opus 13” (2018-2021), – kierownik projektu
  2. UMO-2014/13/B/NZ1/00043 – „Systemy toksyna-antytoksyna jako regulatory ekspresji genów u gronkowców”, projekt badawczy NCN w ramach konkursu „Opus 7” (2015-2019), – kierownik projektu
  3. UMO-2012/07/D/NZ2/04282 – „Identyfikacja i badania czynników wpływających na wirulencję gronkowców z wykorzystaniem genomiki i proteomiki”, projekt badawczy NCN w ramach konkursu „Sonata 4” (2013-2016), – kierownik projektu
  4. N N303 813340 – “Identyfikacja i charakterystyka czynników zaangażowanych w specyficzną wobec gospodarza kolonizację i wirulencję szczepów Staphylococcus aureus”, projekt badawczy MNiSW (2011-2014), – kierownik projektu
  5. IP 2010 046770 – “Badania molekularnego podłoża wirulencji bakterii z rodzaju Staphylococcus”, projekt badawczy MNiSW w ramach konkursu Iuventus Plus (2011), – kierownik projektu

Patenty:

  1. PL215031 „Wysokowydajny  promotor  ekspresji  w  komórce  bakteryjnej,  konstrukt  genowy,  wektor, transformant, systemy ekspresji i sekrecji heterologicznego białka oraz ich zastosowania”. Urząd Patentowy RP. (2013)
  2. PL226609 „Sposób określenia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus”. Urząd Patentowy RP. (2017)
  3. PL229542 „Polipeptyd, kodujący go polinukleotyd lub wektor ekspresyjny, szczep Staphylococcus pseudintermedius oraz ich zastosowania i sposób otrzymywania”. Urząd Patentowy RP. (2018)

_____________________________________________________________________

Dr inż. Emilia Bonar

Adiunkt

» więcej...

Pokój: A118
 
Zainteresowania badawcze:
 
Gronkowcowe układy toksyna-antytoksyna. Czynniki wirulencji gronkowców. Techniki proteomiki w badaniu odpowiedzi komórkowej na działanie czynników środowiskowych i w identyfikacji czynników zaangażowanych w wirulencję. Przemysłowe procesy produkcyjne w biotechnologii.
 
Wybrane publikacje:
  1. Bonar E, Chlebicka K, Dubin G, Wladyka B, Identification of Staphylococcus aureus virulence factors using proteomic approaches Application of Two-dimensional Differential in Gel Electrophoresis in Identification of Factors Responsible for Virulence in Staphylococcus aureus  (2020) Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus (MRSA) Protocols, Springer. Editor: Ji, Yinduo (Ed.) Methods Mol Biol. 2020;2069:139-154. doi: 10.1007/978-1-4939-9849-4_11.
  2. Gołębiowska G., Bonar E., Emami K., Wędzony M. Cold-modulated small proteins abundance in winter triticale (x Triticosecale, Wittm.) seedlings tolerant to the pink snow mould (Microdochium nivale, Samuels & Hallett) infection. Acta Biochim Pol. (2019) Sep 10;66(3):343-350. doi: 10.18388/abp.2019_2804.
  3. A. Kurpinska, J. Suraj, E. Bonar, A. Zakrzewska, M. Stojak, M. Sternak, A. Jasztal, M. Walczak (2019). Proteomic characterization of early lung response to breast cancer metastasis in mice. Exp Mol Pathol. 2019 Feb 11. pii: S0014-4800(18)30482-9. doi: 10.1016/j.yexmp.2019.02.001.
  4. E. Bonar, M.Bukowski, M.Hydzik, U.Jankowska, S.Kedracka-Krok, G.Dubin, J. Miedzobrodzki, A.J.Sabat, A.W.Friedrich, B.Wladyka (2018). Joint genomic and proteomic analysis identifies meta-traits characteristic for virulent and non-virulent S. aureus strains. Front Cell Infect Microbiol. 2018 Sep 6;8:313. doi: 10.3389/fcimb.2018.00313. eCollection 2018.
  5. E. Bonar, J.Międzobrodzki, B.Władyka (2018) Chapter7. The Staphylococcal Coagulases. pp. 95-102; Pet-to-man Travelling Staphylococci: A World in Progress edited by Vincenzo Savii, ISBN: 978-0-12-813547-1, Document Type: Book Chapter, Publisher: Elsevier Inc. doi.org/10.1016/B978-0-12-813547-1.00007-8  
  6. B. Władyka, E. Bonar (2018) Chapter 21. Application of Staphylococci in the Food Industry and Biotechnology. pp. 281-291; Pet-to-Man Travelling Staphylococci: A World in Progress edited by Vincenzo Savii, ISBN: 978-0-12-813547-1, Document Type: Book Chapter, Publisher: Elsevier Inc. doi.org/10.1016/B978-0-12-813547-1.00021-2
  7. Bonar E., Wojcik I., Jankowska U., Kedracka-Krok S., Bukowski M., Polakowska K., Lis M.W., Kosecka-Strojek M., Sabat A.J., Dubin G., Friedrich A.W., Miedzobrodzki J., Dubin A. and Wladyka B. (2016) Identification of secreted exoproteome fingerprints of highly-virulent and non-virulent Staphylococcus aureus strains. Front. Cell. Infect. Microbiol. 6:51. doi: 10.3389/fcimb.2016.00051.
  8. Wladyka B., Piejko M., Bzowska M., Pieta P., Krzysik M., Mazurek Ł., Guevara-Lora I., Bukowski M., Sabat AJ., Friedrich AW., Bonar E., Międzobrodzki J., Dubin A., Mak P. (2015) A peptide factor secreted by Staphylococcuspseudintermedius exhibits properties of both bacteriocins and virulence factors. Sci. Rep. 5, 14569; doi: 10.1038/srep14569
  9. Bonar E., Wójcik I., Władyka B. (2015) Proteomics in studies of Staphylococcus aureus virulence. Acta Biochim Pol. 2015;62(3):367-81. doi: 10.18388/abp.2015_1083
  10. Bukowski M, Lyzen R, Helbin WM, Bonar E, Szalewska-Palasz A, Wegrzyn G, Dubin G, Dubin A, Wladyka B. (2013). A regulatory role for Staphylococcus aureus toxin-antitoxin system PemIKSa. Nat Commun. Jun 18;4:2012. doi: 10.1038/ncomms3012.
  11. Bonar, E., Krzeszowiec-Jeleń, W., Czachorowski, S. (2012) „ Biologia na czasie”  Podręcznik do biologii, dla szkół ponadgimnazjalnych, zakres podstawowy. ISBN 978-83-267-0746-9. Wydawnictwo Nowa Era.
Granty badawcze (obecnie realizowane i zakończone):
  1. 2018/02/X/NZ2/03551, Miniatura 2; „Transkryptomiczna i proteomiczna analiza efektów mutacji skutkującej nadprodukcją toksyny PVL u Staphylococcus aureus”, kierownik.
  2. KNOW, Konsorcjum CELL-MOL-TECH „Rozwój potencjału naukowego i aplikacyjnego WBBiB” program IMPULS, dofinansowujący działalność naukową pracowników WBBiB. „Identyfikacja specyficzności substratowej i roli toksyn układów toksyna-antytoksyna z wykorzystaniem technik transkryptomiki i proteomiki”, główny wykonawca.
  3. 2017/25/B/NZ6/01056; Opus 13; „Badania roli układów toksyna-antytoksyna w antybiotykooporności gronkowców.” Kierownik projektu: dr:  B. Władyka, planowane zakończenie 2021 r. Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ, główny wykonawca.
  4. UMO-2014/13/B/NZ1/00043; Opus7; "Systemy toksyna-antytoksyna jako regulatory ekspresji genów u gronkowców." Kierownik projektu: dr hab.  B. Władyka, zakończony 2018 r. Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ. główny wykonawca.
  5. UMO-2012/07/D/NZ2/04282; Sonata4; „Identyfikacja i badania czynników wpływających na wirulencję gronkowców z wykorzystaniem genomiki i proteomiki.” Kierownik projektu: dr B. Władyka, planowane zakończony 2017 r. Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ, główny wykonawca.
  6. N N303813340 „Identyfikacja i charakterystyka czynników zaangażowanych w specyficzną wobec gospodarza kolonizację i wirulencję szczepów Staphylococcus aureus." Kierownik projektu: dr B. Władyka, zakończony 2014 r. Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ, główny wykonawca.
  7. N N301 032834, "Próba stworzenia spójnego obrazu zewnątrzwydzielniczej aktywności proteolitycznej gronkowca złocistego - charakterystyka roli proteinaz Spl i toksyn epidermolitycznych w wirulencji groźnego patogena ludzi i zwierząt." Projekt badawczy (2009-2011), kierownik projektu: dr G. Dubin. Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ, wykonawca.
  8. PB NN 302130734 – „Gronkowcowy plazmid pCH-91 jako nośnik czynników wirulencji i możliwe narzędzie do produkcji białek rekombinowanych”. Projekt badawczy (2008-2011), kierownik prof. dr hab. A. Dubin. Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ, główny wykonawca.
  9. BW148, "Charakterystyka proteomu zewnątrzkomórkowego szczepu Staphylococcus aureus CH-91”, (2010) kierownik projektu: dr B. Władyka. (Wydziałowe Rezerwy Badań Własnych) Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ, główny wykonawca.
  10. 036903, akronim: SAVEBETA „Molecular pathways underlying decreased beta cell mass in diabetes mellitus”, projekt badawczy komisji europejskiej w ramach programu: „Life, Sciences, Genomics and Biotechnology for Health” (2006-2009), kierownik projektu: dr hab. J. Jura. Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ, wykonawca.
  11. PBZ 039/P04/2001 – „Porównanie na poziomie transkryptomu i proteomu ekspresji genów związanych z odczynem zapalnym w wybranych typach komórek”. Projekt badawczy (2002-2004), kierownik projektu: prof. dr hab. A. Koj. Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ,  wykonawca.

Patent:

  1. PL229542 „Polipeptyd, kodujący go polinukleotyd lub wektor ekspresyjny, szczep Staphylococcus pseudintermedius oraz ich zastosowania i sposób otrzymywania”. Urząd Patentowy RP. (2018)

_____________________________________________________________________

Dr Michał Bukowski

Adiunkt

» więcej...

Pokój: A125
Tel.: 12 664 6543, 12 664 6099
E-mail: m.bukowski@uj.edu.pl

Zainteresowania badawcze:


Mechanizmy wirulencji gronkowca złocistego (Staphylococcus aureus) w kontekście oddziaływań komórki bakteryjnej z komórką gospodarza. Internalizacja komórek gronkowcowych do komórek eukariotycznych, mechanizmy jej regulacji oraz systemy regulatorowe wpływające na przeżywalność komórek bakteryjny w endosomach. Systemy toksyna-antytoksyna (TAS) klasy II oraz ich rola w regulacji ekspresji genów, globalnych zmianach w transkryptomie i formowaniu persister cells. Genomika porównawcza oraz wysokoprzepustowa analiza danych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji (Next Generation Sequencing), data mining & analysis z wykorzystaniem programowania w językach python i C++.

Wybrane publikacje:

Prace oryginalne
:

  1. Savini V, Kosecka K, Siegwart E, Marrollo R, Polilli E, Palmieri D, Fazii P, Carretto E, Międzobrodzki J, Bukowski M. (2015) Daptomycin-resistant Staphylococcus pettenkoferi of human origin. Acta Biochimica Polonica [Epub ahead of print].
  2. Wladyka B, Piejko M, Bzowska M, Pieta P, Krzysik M, Mazurek Ł, Guevara-Lora I, Bukowski M, Sabat AJ, Friedrich AW, Bonar E, Międzobrodzki J, Dubin A, Mak P. (2015) A peptide factor secreted by Staphylococcus pseudintermedius exhibits properties of both bacteriocins and virulence factors. Scientific Reports 5:14569.
  3. Janczak M, Wladyka B, Bukowski M, Gorecki A, Dubin G, Dubin A. (2015) A systematic investigation of the stability of green fluorescent protein fusion proteins. Acta Biochimica Polonica 62(3):407-11.
  4. Bukowski M, Polakowska K, Ilczyszyn WM, Sitarska A, Nytko K, Kosecka M, Miedzobrodzki J, Dubin A, Wladyka B. (2015) Species determination within Staphylococcus genus by extended PCR-restriction fragment length polymorphism of saoC gene. FEMS Microbiology Letters 362 (1): 1-11.
  5. Bukowski M, Lyzen R, Helbin WM, Bonar E, Szalewska-Palasz A, Wegrzyn G, Dubin G, Dubin A, Wladyka B. (2013) A regulatory role for Staphylococcus aureus toxin-antitoxin system PemIKSa . Nature Communications 4:2012.
  6. Wladyka B, Kozik AJ, Bukowski M, Rojowska A, Kantyka T, Dubin G, Dubin A. (2011) alpha(1)-Antichymotrypsin inactivates staphylococcal cysteine protease in cross-class inhibition. Biochimie 93(5): 948-53.


Prace przeglądowe:

  1. Bukowski M, Rojowska A, Wladyka B. (2011) Prokaryotic toxin-antitoxin systems - the role in bacterial physiology and application in molecular biology. Acta Biochimica Polonica 58(1): 1-9.
  2. Bukowski M, Wladyka B, Dubin G. (2010) Exfoliative toxins of Staphylococcus aureus. Toxins 2(5): 1148-1165.


Udział w projektach badawczych:

  1. Wykonawca w projekcie finansowanym przez Narodowe Centrum Nauki (NCN) nr UMO-2012/07/D/NZ2/04282: Identyfikacja i badania czynników wpływających na wirulencję gronkowców z wykorzystaniem genomiki i proteomiki. Kierownik: dr Benedykt Władyka (2013-2016).
  2. Kierownik w projekcie finansowanym przez Narodowe Centrum Nauki (NCN) nr UMO-2011/01/N/NZ1/01167: Funkcjonalna analiza operonu antisig-sig Staphylococcus aureus (2011-2014).
  3. Wykonawca w projekcie finansowanym przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego (MNiSW) nr N N303 813340: Identyfikacja i charakterystyka czynników zaangażowanych w specyficzną wobec gospodarza kolonizację i wirulencję szczepów Staphylococcus aureus. Kierownik: dr Benedykt Władyka (2011-2014).
  4. Wykonawca w projekcie finansowanym przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego (MNiSW) nr IP 2010 046770: Badania molekularnego podłoża wirulencji bakterii z rodzaju Staphylococcus. Kierownik: dr Benedykt Władyka (2010-2011).
  5. Wykonawca w projekcie finansowanym przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego (MNiSW) nr N N302 130734: Gronkowcowy plazmid pCH-91 jako nośnik czynników wirulencji i możliwe narzędzie do produkcji białek. Kierownik: prof. dr hab. Adam Dubin (2008-2011).

_____________________________________________________________________

Mgr Kinga Chlebicka

Asystent

_____________________________________________________________________

Mgr Kamila Kulig

Asystent

_____________________________________________________________________

Mgr Ewelina Wronowska

Samodzielny biolog